La colección histórico-artística surgió como fondo de origen del museo. El acervo, por la cantidad y calidad de sus obras, tiene un lugar destacado dentro de los recintos culturales del país. Actualmente, es el repositorio artístico más importante del estado. Lo anterior se ha logrado gracias al incremento paulatino de sus colecciones a lo largo de casi medio siglo de existencia. El Museo Francisco Cossío posee importantes vestigios prehispánicos, enseres novohispanos, piezas de los siglos XIX y XX; así como una importante colección de artes utilitarias. Algunos objetos del museo han sido expuestos en la capital de la Republica, en importantes ciudades de México y en el extranjero, como París, Nueva York y San Antonio.